Ein umdeildasta breytingin í iOS 6 er Apple Maps, arftaki Google Maps sem var eitt af stöðluðum forritum í öllum keyptum iPhone sínum þangað til iPhone 5 leit dagsins ljós.
Apple Maps hefur sætt nokkurri gagnrýni, bæði fyrir lélega raddleiðsögu (e. turn-by-turn directions) og ónákvæm kort. Íslenskir notendur hafa til dæmis kvartað undan því að heilu hverfin vanti í forritið og að kortin séu oft gömul. Þá er heldur ekki hægt að skoða almenningssamgöngur í Apple Maps.
Eric Schmidt, framkvæmdarstjóri Google, lét nýverið hafa það eftir sér að Google væri ekki að vinna að þróun Google Maps forrits fyrir iPhone, og bætti við að Google hefði viljað halda samstarfinu við Apple áfram en ágreiningur á milli tæknirisanna hefði komið í veg fyrir það.
Þrátt fyrir ummæli Schmidt þá telja margir að þótt ekki sé verið að vinna að forritinu að svo stöddu, að Google Maps forrit muni koma áður en árið er liðið, þar sem að Google hefur talsverðar tekjur af Google Maps, auk þess sem það gerði sérstakt YouTube forrit fyrir iPhone sem kom út fyrir stuttu.
